Unos portugueses del barco "Santa Cruz" ayudaron a Antonio a introducir el cuerpo en una caja de madera, agregando cal al ataúd y lo enterraron. Después de 3 meses lo desenterraron para trasladarlo a Malaca, y al revisar el cuerpo vieron que estaba fresco, como si estuviera vivo. Lo metieron en una caja mejor, le untaron brea y se lo llevaron. En Malaca lo recibieron con entusiasmo y a su llegada, cesó la gran mortandad que había. Un enfermo lo besó y quedó curado. De ahí su cuerpo es conducido a Goa, (capital de la excolonia portuguesa) donde a petición de él mismo quería ser enterrado, y llega en la primavera de 1554, en medio de un gran recibimiento. Esa ciudad resguarda el cuerpo incorrupto de San Francisco Javier en la Basílica del Buen Jesús de Goa,5​ mismo que es expuesto a público cada 10 años en una urna de cristal y plata en su propia base,6​ convirtiendo a Goa en un lugar de peregrinación de devotos de la India independientemente de su religión, donde después de caminar hasta 10 días para llegar al lugar, esperan hasta 7 horas para ver al santo, hasta 3 millones de devotos en 44 días.